Przebieg terapii wykonywanej z zastosowaniem specjalnie opracowanego masażu rozpoczyna się od specjalistycznej diagnostyki rodzaju dolegliwości doskwierających danej osobie. W zależności od rodzaju schorzenia fizjoterapeuta kwalifikuje danego pacjenta na odpowiednią terapię manualną. W większości przypadków ten rodzaj rehabilitacji odbywa się na kozetce w pozycji leżącej. Specjaliści, rehabilitanci bądź fizjoterapeuci wykonują swoją pracę wywierając nacisk na tkankach miękkich ciała, rozluźniające je i łagodząc ból. Poprzez umiejętności manualne polegające na wykorzystywaniu ruchów o różnej amplitudzie i prędkości możliwa jest mobilizacja, a także manipulacja tkanek wokół stawów. Terapia tkanek miękkich stosowana jest w ortopedii, reumatologii, neurologii, rehabilitacji, leczeniu zwyrodnień stawów, leczeniu schorzeń kręgosłupa oraz niwelowaniu dolegliwości bólowych o różnym podłożu. Terapia metodą manualną można nie tylko obejmować techniki specjalistycznego masażu, ale także ćwiczenia i treningi dostosowane do pacjentów w oparciu o wywiad i diagnostykę danego schorzenia. Jest to kinezyterapia. W czasie trwania fizjoterapii manualnej specjaliści często instruują pacjentów odnośnie tego jak prawidłowo postępować przy wykonywaniu codziennych czynności, aby zapobiegać doskwierającym dolegliwościom. Pełna terapia wymaga czasu i systematyczności oznacza to, że terapeuta oprócz sesji w gabinecie może dodatkowo zlecić swojemu pacjentowi odpowiednie ćwiczenia do samodzielnego wykonywania w domu.